La verdad es que la forma de hacerlo la marca la agencia tributaria.
Pero antes de deducir o no el gasto y/o IVA hay que tener claro que los gastos de los que hablas (autopistas, parking, comidas, ...) tienen que tener relación con el negocio y ser necesarios para el desarrollo de la actividad. En otro caso, aunque lo pague la empresa, no es deducible ni el IVA ni el gasto, y habrá que incluirlo en una cuenta de gastos no deducibles y hacer el ajuste correspondiente en el Impuesto de Sociedades.
A partir de ahí. Si el documento que obtienes tiene el IVA debidamente desglosado y cumple con los requisitos de una factura simplificada te puedes deducir todo como gasto (creo que ya nadie emite tiquets porque esta figura desapareció a cambio de las facturas simplificadas creo que en ¿2013?).
Si no hay IVA desglosado o no cumple con los requisitos de factura simplificada, tienes derecho a exigirlo. Normalmente no ponen pegas para esto ni siquiera en las autopistas. De hecho hay algunas autopistas que te emiten factura a final de mes si lo solicitas con antelación.
Si tienes la factura normalizada tienes derecho a deducir tanto el gasto como el IVA.
En este enlace tienes un poco más de ayuda ofrecida por BBVA.
Tienes también que tener en cuenta si tu actividad/es está/n en alguna de las exclusiones del derecho a deducción de IVA. Creo que artículo 96. Te paso enlace al reglamento.