Baja por cuenta ajena y 180 días cotizados de autónomos

Intentó resumir, tengo 210 días cotizados en los últimos 5 años (180 son de autónomo) y actualmente estoy trabajando por cuenta ajena en empresa de obra civil (construcción), en mi primera semana me he fastidiado del todo el túnel carpiano, estaba en lista de espera para especialista, pero sin baja médica ya que no me molestaba en mi día a día, ahora que ya no se hace soportable en el día a día ( inflamación, calambrazo y falta de movilidad y fuerza )me ha dado la baja mi doctora de cabecera, si me despiden, ¿cobró de algún sitio hasta que se solucione? Y una cosa más, mi jefe dice que me pasa a la mutua si es baja de larga duración, ¿se harían cargo de mi en aspectos médicos y de salario viéndolo como enfermedad común? La doctora de cabecera me emite los partes como enfermedad común, no entiendo nada y no se que será de mi y si quedare sin trabajo, dinero y enfermo hasta que me vea el especialista y determine que hacer, que será operar, porque menudos diez días llevo y tomando medicación sin piedad incluso. Perdón, pero no sabía cómo no extenderme.