Baja por it me pagan menos que mi base de contingencias comunes.

Tengo un contrato a tiempo parcial a 30h semanales me falta un mes para dar a luz y me he cogido una baja por it por lumbago. Bien yo tengo además de sueldo fijo comisiones todos los meses. Estas comisiones aparecen en el total de base de contingencias comunes de mi nómina. Por lo que pensaba que iba a cobrar en función de esa base. Pues no a sido así . Mi salario base de la nómina de febrero es de 900e y mi base de cotización de contingencias comunes en febrero es de 2000e ( ahí incluyen las comisiones) teniendo en cuenta que mi empresa tiene una mejora en convenio y por it no descuentan nada. Yo pensé q cobraría lo que corresponde a la base de contingencias comunes de febrero que son los 2000e. Pues bien me han pagado en marzo solo los 900e de salario base. ¿Esto es realmente así? Lo que me preocupa sobre todo esque para la baja maternal sigan el mismo criterio y en vez de cobrar 2000e cada mes cobre sólo 900e.