Descuentos en nómina por baja laboral

Persona de 50 años, empleada en una cafetería granja de pan, ingreso en urgencias por una infección en colon, seis días hospitalizada, con la baja correspondiente, trabaja 40 horas semanales, ¿no le han ingresado el sueldo porque el gestor no sabía cusnto le tenía que descontar? ¿Cuándo es baja por ingreso se descuentan los días no trabajados?