Toma los datos de cualquier fila, creo que el problema puede estar en como lo pongo dentro de la macro final
Private Sub commandbutton1_click()
    '
    Application.ScreenUpdating = False
    '
    Set l1 = ThisWorkbook
    Set h1 = l1.Sheets(Hoja1.Name)
    Set h4 = l1.Sheets(Hoja4.Name)
    '
    h1.Range("A2:H300").ClearContents
    h4.Range("A2:D300").ClearContents
    '
    ruta1 = "c:\datos\control de obra\"
    arch1 = Dir(ruta1 & "*.xlsx")
    '
    fil = 2
    Do While arch1 <> ""
        Set l2 = Workbooks.Open(ruta1 & arch1)
        Set h2 = l2.Sheets(1)
        h2.Columns("O:BF").Hidden = False
        fila = h2.Range("BG" & Rows.Count).End(xlUp).Row
        columna = h2.Cells(6, Columns.Count).End(xlToLeft).Column - 1
        h1.Cells(fil, "A") = h2.Cells(3, 4)         'copiar e insertar OT
        h1.Cells(fil, "B") = h2.Cells(2, 4)         'copiar e insertar datos Nombre
        h1.Cells(fil, "C") = h2.Cells(5, 2)         'Insertar codigo para fase
        h1.Cells(fil, "E") = h2.Cells(fila, 59)     'copiar e insertar datos ingenieria
        h1.Cells(fil, "F") = h2.Cells(fila, 141)    'copiar e insertar datos cortes
        h1.Cells(fil, "G") = h2.Cells(fila, 223)    'copiar e insertar datos armado
        h1.Cells(fil, "H") = h2.Cells(fila, 427)    'copiar e insertar datos pintura
        h1.Cells(fil, "I") = h2.Cells(6, columna)   ''copiar e insertar ultima fecha de ingenieria
        h2.Columns("O:BF").Hidden = True
        h1.Cells(fil, "d") = h1.Cells(fil, "a") & " - " & h1.Cells(fil, "b") & "  " & h1.Cells(fil, "C") 'concatenar ot-nombre-fase
        l2.Close False  'cierra el libro
        fil = fil + 1
        arch1 = Dir()
    Loop
    '
    'Copia porcentaje de envios
    ruta2 = "c:\rebajas_envios\"
    arch2 = Dir(ruta2 & "*.xls")
    fil = 2
    Do While arch2 <> ""
        Set l2 = Workbooks.Open(ruta2 & arch2)
        Set h2 = l2.Sheets(3)
        fila = h2.Range("DS" & Rows.Count).End(xlUp).Row
        h4.Cells(fil, "A") = h2.Cells(3, 3)         'copiar e insertar OT
        h4.Cells(fil, "B") = h2.Cells(2, 3)         'copiar e insertar datos Nombre
        h4.Cells(fil, "C") = h2.Cells(6, 1)         'copiar e insertar datos Fase
        h4.Cells(fil, "E") = h2.Cells(fila, 123)    'copiar e insertar datos Envios
        h4.Cells(fil, "d") = h4.Cells(fil, "a") & " - " & h4.Cells(fil, "b") & "  " & h4.Cells(fil, "C") 'concatenar ot-nombre-fase
        l2.Close False      'cierra el libro
        fil = fil + 1
        arch2 = Dir()
    Loop
    l1.Save
    MsgBox "Proceso terminado"
End SubSaludos