Finalización de contrato por estar de baja

Trabajo para una ett. Hoy me han dado la baja por rotura de escafoides. He mandado toda la documentación a la empresa y me llaman diciendo que me van a finalizar en contrato mientras esté de baja y cuando me den el alta vuelvo a mi puesto de trabajo... Me habrán visto cara de tonta. Mi duda es, ¿puedo reclamar a parte del finiquito alguna indemnización? Por otro lado las vacaciones me las pagan prorrateadas, pero no las he disfrutado, ¿las pierdo? Llevo desde el 2 de junio de 2016 trabajando con ellos.