¿Se puede no incluir un pago en la nómina?

Trabajo para una empresa subcontratada por un ayuntamiento de la Com. Madrid. El servicio se oferta por pliego de condiciones y lo han ganado dos empresas. En el pliego se incluye un "plus por movilidad" (desplazamientos). Una empresa lo ha metido en nómina desde el primer momento y la otra no (la mía). ¿Pueden negarse a incluirlo en nómina? ¿Por qué? Otra pregunta, ¿este complemento se considera salario? ¿Por qué?. La plantilla estamos muy perdidos y sólo sabemos que no cotiza ni tributa.