La macro que tenías iba de 5 en 5 pero tus filas amarillas no siguen ese orden.
Entonces, esta propuesta mira el color de la col E. Como allí no hay valores sirve para mirar el color. Si es amarillo vuelve a colocar ese color en el resto de la fila.
Sub coincidencias()
'ajustada x Elsamatilde
Dim n As Range
Dim lookup
ElRango = "E1:T67"
'se solicita ingreso del nro de 4 dígitos
lookup = Format(Val(InputBox("ingrese NUMERO de referencia", "BUSQUEDA DE COINCIDENCIAS")), "0000")
If Val(lookup) = 0 Then
Columns("Y:Y").Clear
[Z1].ClearContents
For LaFila = 1 To Range(ElRango).Rows.Count 'Step 5
'si la celda en col E es amarilla se deja la fila en amarillo
If Range("E" & LaFila).Interior.ColorIndex = 6 Then
'se asigna color 6 a la fila completa, no x col
Range("E" & LaFila & ":T" & LaFila).Interior.ColorIndex = 6
'For LaColu = 0 To Range(ElRango).Columns.Count - 1
'Range("E1").Offset(LaFila, LaColu).Interior.ColorIndex = 6
'Next
Else
'sino se le quita el color que tenga de la coincidencia
Range("E" & LaFila & ":T" & LaFila).Interior.ColorIndex = xlNone
End If
Next
Exit Sub
Else
If Len(lookup) <> 4 Then
MsgBox "Número no válido.", , "ERROR"
Exit Sub
End If
End If
'se guarda en Z1 y se da formato a la celda
With [Z1]
.Value = lookup
.NumberFormat = "0000"
.Font.Bold = True
.HorizontalAlignment = xlLeft
.Interior.ColorIndex = 44 '(naranja)
End With
'se recorre el rango buscando las 6 coincidencias
'se limpia la col Y
Columns("Y:Y").Clear
x = 2
For Each n In Range(ElRango)
If n = lookup Or Left(n.Value, 2) = Left(lookup, 2) Or Right(n.Value, 2) = Right(lookup, 2) Or _
(Left(n.Value, 1) = Left(lookup, 1) And Right(n.Value, 1) = Right(lookup, 1)) Or _
(Left(n.Value, 1) = Left(lookup, 1) And Mid(n.Value, 3, 1) = Mid(lookup, 3, 1)) Or _
(Mid(n.Value, 2, 1) = Mid(lookup, 2, 1) And Right(n.Value, 1) = Right(lookup, 1)) Or _
(Mid(n.Value, 2, 1) = Mid(lookup, 2, 1) And Mid(n.Value, 3, 1) = Mid(lookup, 3, 1)) Then
n.Interior.ColorIndex = 5 'azul
'se agrega el nro a la col Y
Range("Y" & x) = n
x = x + 1
Else 'opcional quitar color a los no coincidentes.
'n.Interior.Color = xlNone
End If
Next n
MsgBox "Fin del proceso.", , "INFORMACIÓN"
End Sub
Probala y me comentás.