¿Qué diferencia hay entre los megapíxeles de una cámara fotográfica y los megapíxeles de una cámara de un celular?

No, es el mismo cálculo.
Cuando hablamos de megapíxeles nos estamos refiriendo al tamaño de la imagen (1.000 pixeles x 1.000 píxeles) y esto es bueno para hacer zoom y recortes sobre la foto sin que pierda calidad aparente
Por desgracia, ya que tratan de confundirnos en este aspecto, esto NO tiene que ver con calidad y resolución, no confundamos.

Lo que realmente importa es el tamaño del sensor ya que, a mayor tamaño, habrá menos "ruido", aumentará la nitidez y por tanto, mayor calidad de imagen.

De este modo la Canon tendrá menos megapíxeles, pero la calidad de la imagen que tome será mucho mejor que el del smartphone.

Esto es un resumen algo básico, pero espero que te de la idea que los megapíxeles no lo son todo en fotografía.

Abundando en lo que te dice Segytel.

Una imagen digital esta compuesta por pixeles, que son los cuadraditos que forman el rectángulo de la fotografía.

El sensor digital que esta en el interior de la cámara en una superficie plana que capta la luz de la imagen que se proyecta sobre él y que entra a través del objetivo.

Este sensor a su vez esta compuesto por cuadraditos, al igual que un tablejo de ajedrez, y cada cuadradito (pixel) plasmara en la fotografía la cantidad de luz y el color que hay sobre su superficie.

El tamaño físico del sensor (aquí si que importa), es una medida en milímetros y por ejemplo el sensor de la Canon 40D mide 22,5 X 15 mm. Sin embargo el sensor de un Sony Experia mide 4,8 X 3,6 mm.

Dentro de ese tamaño, el sensor, como te decía, esta dividido en cuadraditos (pixeles) y aquí es donde puedes imaginarte el tamaño que va a tener la superficie de cada pixel en los dos sensores.

Como quiera que esa mini superficie va a medir y capturar la cantidad de luz y color de la misma que le llega, es fácil de entender que va a ser más complejo hacerlo en una superficie muy pequeña que en una que solo es pequeña.

Por resumir, en situaciones de buena luz, el sensor de un teléfono se va a comportar bien pero cuando empieza a bajar la luz, la calidad de imagen también se va a resentir considerablemente.

Seré breve, pues tengo poco tiempo.
Los MP son el tamaño de la imagen, nada más. La calidad la dará el tamaño del sensor, que en un móvil es ridículo.

En pocas palabras: El tamaño del sensor es lo que cuenta. El movil puede tener los mismos MPX que la cámara pero, al ser el sensor ridículamente pequeño, la calidad no puede ser la misma que la de la cámara.