Los colchones más ecológicos que conozco son éstos:
http://ecomatalasser.cat/es/producto/
https://lacamaazul.es
Ambas empresas estuvieron en la Feria de Biocultura de Madrid el año pasado, es una feria de productos ecológicos (aunque de lo que más abunda son cosas del comer, pero hay de todo, hasta colchones). En Madrid esta feria es todos los años en Noviembre en IFEMA. Yo siempre acudo porque me interesa lo que allí se expone.
Probé estos colchones allí mismo, en la Feria, pero debo reconocer que no es el mejor sitio para hacerlo (megafonía, barullo, luces...) por lo que no tengo una idea clara de si realmente son interesantes (en esas condiciones, aunque te pongan un antifaz, no se puede probar un colchón).
Lo que sí es seguro es que los materiales de construcción de esos colchones son 100% naturales y ecológicos.
Luego en marcas comerciales tienes varias marcas que abundan en esta filosofía de lo más natural y ecológico posible, la artesanía también... pero no sé hasta que punto es cierto y sean realmente "ecológicos" o hay también un poquito de marketing, pero bueno, si vas buscando colchones con capas naturales son buenas opciones:
http://www.astralnature.com/colchones/
http://almadreamnatura.com/es/inicio/
http://www.relax.es/coleccion-biosystem/
http://www.dunlopillo.es/royal-arte/
http://www.delanubbi.com/serie-artesanos/
http://www.milcolchones.com/colchones-artesanales/366-colchon-muelles-ensacados-artesano.html