Retribución en caso de baja por enfermedad si el sueldo es variable y disfrute de vacaciones

Mi sueldo se compone de fijo y variable que habitualmente supera la base máxima de cotización. Durante la baja por enfermedad he cobrado el 75% de la base de cotización que supera el 100% de la parte fija del salario. Ahora que me he reincorporado la empresa me considera ese exceso como parte variable liquidada. ¿Es legal?

En cuanto a las vacaciones no disfrutadas por estar de baja, me quieren descontar los días que la empresa obliga a coger, que son 2 semanas concretas del año en las que estaba de baja.