Tu problema no es en realidad en el propio "ComboBox3" sino en que en tu botón "Actualizar Datos" ("CommandButton1") ya que ahí pones el "ComboBox3" en blanco: ComboBox3 = "". Entonces, al dejar en "blanco" dicho "Combobox" dejas su propiedad "ListIndex" en menos uno (-1) y al tener el evento "Change" de dicho "ComboBox" activado, ocurre lo que te comenté antes: La variable columna se queda en cero (0).
¿Cómo solucionarlo? Excel tiene una propiedad que anula/desactiva los eventos: Application. EnableEvents pero, no actúa a nivel de "UserForm" y los objetos que contenga, entonces hay que simular algo parecido.
Aquí he colocado tu archivo ya con el "arreglito":
https://1drv.ms/x/s!ApkTgtnWCTgAi0CKg0zdhqX8SACo
He creado una variable pública del tipo "Boolean" que coloco en "True" desde que inicia tu "UserForm":
Public EnableEvents As Boolean
Private Sub UserForm_Initialize()
Me.EnableEvents = True
Luego, en el evento "Change" del "ComboBox3" le "digo" que si esa variable es "False" pues que "no haga nada":
Private Sub ComboBox3_Change()
If EnableEvents = False Then Exit Sub
Y en tu botón "Actualizar Datos" le coloco "False" antes de dejar en blanco tu "Combobox3" y así no ocurrirá el error. Después de dejar en blanco el "Combobox3" dejo la variable en "True" para que sí puedas volver a ingresar datos si lo necesitas y sí funcione el evento "Change"
Me.EnableEvents = False
ComboBox3 = ""
Me.EnableEvents = True
Mira el archivo para que lo entiendas mejor.
Feliz año
Abraham Valencia