Me han despedido y ahora tengo que solicitar el pago directo a la Mutua ¿Descuentan del paro sólo el tiempo en IT cobrado?

Llevaba casi 12 años trabajando en mi empresa en jornada de 4'5 horas, el 29/12/17 me despidieron y estoy a la espera de la conciliación, yo estaba de baja desde el 20/11/17 y ahora tengo que solicitar el pago directo a la mutua, pero aún no me han facilitado el certificado de empresa que me piden para la solicitud aunque ya lo he pedido. Mi duda es, como del paro te descuentan luego el tiempo permanecido en IT, si este primer mes no me llegan a pagar debido al retraso en la documentación por parte de mi empresa, ¿me lo descontarán luego igualmente del paro aunque no haya cobrado ese mes?