Facturas traspaso de un negocio.

Estoy iniciando los tramites para adquirir un negocio mediante traspaso. La persona que traspasa me pide un concepto a modo de reserva y luego el resto. Mi duda surge porque para sufragar dicha inversión voy a solicitar capitalización de paro entonces quería saber como justificar esos dos gastos. ¿Seria mediante factura de ambos conceptos? ¿Al ser un traspaso y continuar con la misma actividad ambos conceptos están exentos de iva?