Segunda baja del año como se calcula si la primera ya está mal calculada?

¿La segunda baja del año como se calcula si la primera ya está mal calculada?

En octubre trabajé 22 días y tuve que coger la baja por que me operaron casi de urgencias de la vesícula, en mi convenio que es el de transporte mecánico de viajeros de Barcelona dice que...

Sea cual sea la la incapacidad temporal de la que se derive que requiera la intervención quirúrgica de la persona trabajadora... Etc la empresas han de pagar un complemento de la prestación reglamentaria de la seguridad social y de la que la persona trabajadora tiene derecho. El complemento consiste en la diferencia de la cuantía de la prestación y el 100x 100 de la base reguladora a partir de la intervención y durante 15 días más como máximo, una vez halla abandonado el centro, durante la convalecencia.

En la primera baja del año los tres primeros días de baja por I. T. Por enfermedad común se abonarán por parte de la empresa al 100x 100 del salario convenio.

Dicho esto en la nomina aparece 22 días pagados=854,42 las pagas extras que están prorrateadas me pagan menos y me pagan un complemento de 191,20 pago cargo empresa enfermedad, pero luego aparte de irpf de todos los meses me quitan otro irpf llamado irpf incapacidad laboral. ¿Según leo en el convenio y veo en la nómina me han de pagar 100x100... Es así? ¿Y me quitan dos Irpf porqué?

Por otro lado en esa baja me diagnosticaron un cáncer de mama con lo cual acabé el reposo de la operación cogí el alta y automáticamente la baja por el cáncer, ¿si ya la primera baja esta mal calculada confirme me lo antes de hablar con el jefe la segunda como se calcula?

Si Le faltan datos gustosamente se los remito.