¿Los complementos en nómina también se ven afectados aun estando de baja por AT?

Estoy de baja desde el día 1 de Febrero por Accidente de Trabajo
Tengo dudas en la nómina que acabo de cobrar. Pacté un plus de confidencialidad, en privado con la empresa, además de firmado por ambas partes de POR importe. Mi sorpresa ha sido ver que se ha visto afectado. ¿Esto es así? También afecta la baja (¿por mutua de empresa) a los complementos privados fijados por empresa y trabajador?