Con un control fronterizo diferente puedo entrar a España?

Tengo mi nie de estudiante caducado y ya esta en proceso de renovación, yo quiero viajar a Turquía, Croacia e Italia, y he sacado autorización de regreso para esto, pero quisiera saber si tengo algún problema en Croacia por ser el puesto fronterizo de control de mi regreso al espacio schengen y no directamente España