¿Como hago para que solo quede un sistema sin perder los programas?

I. Hola Darwin, por mi parte nunca he realizado esta operación pero Googleando he encontrado un poco de información en Inglés que podría serle útil, ya que ofrecen algunos métodos. En Español por desgracia no estoy encontrando nada. Ojalá haya suerte.

 https://superuser.com/questions/583414/merge-two-windows-7-installations 

http://www.tomshardware.co.uk/answers/id-2657950/merging-partitions.html 

(Traducción al Castellano del primer enlace).

No hay un proceso automatizado para fusionar dos instalaciones de Windows. Pero es posible que pueda copiar configuraciones y datos de algunas aplicaciones instaladas desde su hogar a su instalación Pro:
Las aplicaciones de Windows pueden almacenar configuraciones y otros datos en el registro, así como en el directorio de Appdata oculto en su perfil de usuario (% userprofile% \ Appdata).
Si no sabe mucho sobre el registro, debe omitirlo y solo mirar las carpetas dentro de la carpeta Appdata. Para cada aplicación, identifique las carpetas utilizadas (generalmente el nombre lo indica) y ZIP / RAR todo y guarde el archivo en algún lugar donde tenga acceso desde ambas instalaciones. No copie los archivos directamente, ya que de lo contrario se encontrará con un problema de permisos.
En la otra instalación, descomprima los archivos en la misma ubicación, pero asegúrese de no sobrescribir ninguno.