El mensaje de alerta (imagino que será el de que puede ser potencialmente peligroso abrir archivos... o algo así) desconozco cómo quitarlo, y eso que probé un montón de opciones en la configuración de Access... También te digo que con la misma BD en unos PCs me sale y en otros no...
Con ShellExecute claro que puedes indicar así la ruta. Si te fijas en el texto del ejemplo, el código para abrir el archivo es:
miArchivo = Me.Archivo.Value
If IsNull(miArchivo) Then Exit Sub
Call ShellExecute(Me.hwnd, "Open", miArchivo, "", "", 1)
Que abre la ruta que está en un cuadro de texto llamado Archivo, pero simplemente cambiando la linea que te marco en negrita puedes poner tu la ruta (absoluta o relativa, según tus necesidades) que quieras, por ejemplo:
miArchivo=Application.CurrentProject.Path & "\archivo.bat
Si quieres que abra siempre el archivo "archivo.bat" ubicado en la misma carpeta que la BD
miArchivo= Application.CurrentProject.Path & "\" & Me.Archivo
Si quieres que te abra el archivo que está en el campo "Archivo" en la misma carpeta que tengas la BD.
Posibilidades hay muchas para crear la ruta...