No apto por reconocimiento medico

Tengo muchas dudas, y me gustaría preguntarles a ustedes, que pasaría si un medico de la seguridad social le da el alta a un trabajador que a su vez la mutua propone el alta, y se la dan, y empieza a trabajar y en un reconocimiento medico de una empresa ajena a la seguridad social y la mutua y reconocida por la empresa uno de los médicos le dice que no le da el apto, para trabajar, que debe de hacer a quien acudir, como resolver este problema, este trabajador es fijo y lleva en la empresa más de 15 años, tiene el trabajador algún derecho, tendría que ir a juicio, que opciones de ganar tiene, puede pedir alguna indemnización, o alguna incapacidad al inss o a quien y como.