Nie caducado para hacer prácticas es un problema?

Actualmente tengo Nie caducado y estando en esta situación, una empresa hizo convenio de prácticas con mi escuela de master para hacer las prácticas media jornada.

Un mes después la empresa dice que no tiene claro si me pueden contratar por lo q el NIE está caducado y les da "miedo" una inspección. Sin embargo les expliqué que estoy en condición LEGAL ya que radiqué papeles de renovación por continuidad de prácticas en los 90 días siguientes al vencimiento de la visa. Además al momento de radicar papeles adjunté la documentación del convenio, que certifica que doy continuidad a mis prácticas y es uno de los requisitos para presentar la prórroga.

Por favor su ayuda, porque necesitan tener elementos de guía para tener todo claro frente al alta en la seguridad social.

*Añado que antes de que se me venciera el NIE ya tenia unas prácticas en la mañana y actualmente estoy con ellos dada de alta en la seguridad social.