Por que todos los archivos de mi memoria apareasen como acceso directo?

Tu memoria a sufrido la entrada de un virus por lo que la solución es crear copias de tus archivos y formatear la memoria. Y ya esta.

Como dice Javiero es un virus que oculto los archivos y creo un acceso directo por cada uno.

Una solución es acceder al PenDrive desde el DOS:

Ir a Inicio -> Ejecutar (Ctrl+R) -> Escribes cmd y pulsa enter.

Ingresas a la unidad virtual F: G: o la letra que corresponda y escribes:

attrib /d /s -r -h -s *.* 
Presiona Enter
Con esto podrás ver los archivos que el virus oculto; elimina manualmente los accesos directos creados y ya está.