¿Me deducirán la base de cotización por invalidez?

Tengo 64 años y estoy de baja desde hace 6 meses y es previsible que se alargue más. El medico me indico que podría gestionarme la invalidez pero creo que eso podría perjudicarme a la hora de cobrar la pensión de jubilación.

Ruego me informéis.