En este post tienes información detallada: http://www.preguntasfrecuentes.net/2015/10/27/como-solicitar-la-devolucion-del-iva-en-la-compra-de-coche-con-minusvalia/
Puedes realizar consultas. Lo importante es que el reconocimiento sea previo a la matriculación, lo que se da si se aplica con fecha retroactiva.
Respecto a tu pregunta, yo creo que ni ellos lo tienen claro, porque por un lado te afirman que debes de realizar una solicitud de devolución de ingresos indebidos, y por otro lado, textualmente indican "Se solicitará al vendedor del vehículo la rectificación de la factura emitida, el cual estará obligado a reintegrar al adquirente el importe de las cuotas repercutidas en exceso."
No es coherente rectificar la factura emitida, y devolverte el dinero, y a su vez pedir tu una devolución de ingresos indebidos, porque no puede devolverse dos veces. Eso si, al concesionario le tendrás que aportar la documentación que te indican, en particular, la resolución y la solicitud de aplicación del iva reducido.
No tengo experiencia práctica en este tema, por lo que no te puedo ayudar más, pero en mi opinión es el vendedor el que debe realizar la rectificación de la factura.