No entiendo bien lo que dices de "anexar dos archivos en formato TXT desde access". No sé si es una alternativa a tus intentos desde la shell (imagino que te refieres a la shell CMD/Símbolo del sistema y no a la otra shell del SO Windows, Powershell) o que desde el propio Access abres alguna ventana/interfaz con la shell. En todo caso yo me voy a centrar en conseguir fusionar dos archivos TXT desde la shell CMD dejando entre ellos un cambio de línea (return, intro, retorno, CRLF o como queramos llamarle).
El comando a aplicar sería
COPY <archivo1.txt> + <archivo2.txt> <archsuma.txt>
pero, tal como dices, "pega" la última línea del archivo1.txt a la primera del archivo2.txt. Por tanto hay que introducir un nuevo archivo que solo tenga el cambio de línea de Windows. Si abrimos un Bloc de notas/Notepad y tecleamos un cambio de línea (return, intro) sin más y lo salvamos como CAMBLIN.TXT (por ejemplo) el comando quedaría
COPY <archivo1.txt> + CAMBLIN.TXT + <archivo2.txt> <archsuma.txt>
Es posible que ya hayas probado esto y te hayas encontrado con que en este caso en realidad aparecen dos cambios de línea, y eso no te vale. Si ese es el caso puedes volver a abrir con el Bloc de notas el archivo CAMBLIN.TXT, borrar la última línea (con la tecla de retroceso si sitúas el cursor al final del archivo o la de Supr si lo sitúas delante de la línea final) y salvar el archivo. Con esto creo que se resolverá tu problema. Si no fuera así nos lo dices.