Baja medica e inicio de excedencia por cuidado de menor

Queria consultar sobre mi situación. Solicité excedencia por cuidado de menor con inicio el 5/10, la empresa no me contesta y el mismo 5 de octubre tengo una operación quirúrgica de urgencia y por agenda médica me dan la baja el día 7/10 con efectos desde el 5/10. El 7/10 la empresa me escribe confirmando la excedencia desde el 5/10. Y no se si tengo que solicitar el alta por el hecho de estar de excedencia (sigo convaleciente) porque el médico no tiene citas disponibles hasta la semana que viene. ¿Habría algún problema por tener baja médica estando de excedencia? ¿Tengo qué enviar la baja a la empresa?.