Tengo un problema similar al que tuviste con mis bd de una anterior instalación de appserv
Por Adrian, mira me paso lo mismo que te paso a ti con mis bases de datos en MySQL, estuve modificando el my.ini, se me estropeo, entonces decidí volver a instalar al Appserv, luego copie las carpetas de mis bases de datos y ahora no puedo verlas en el PhpMyAdmin, ayuda por favor! ¿Cómo solucionaste tu problema?