Por qué tengo retraso de casi 2 meses?

El pasado 12 de octubre me puse la inyección anticonceptiva mensual por primera vez en el 3 día de mi periodo, tuve relaciones una semana después con preservativo, por el momento no he vuelto a tener relaciones desde esa vez, tengo un mes o más de retraso solo he tenido unos manchados marrones durante todo este tiempo y como flujo marrón, ya me realicé dos pruebas de embarazo en sangre y sale negativo.
¿Qué estará pasando?