Solo se me ocurre que al reinstalar windows hayas usado un usuario distinto al que se usó para hacer las copias al disco D. De todas formas no me ha pasado nunca algo así. ¿Has probado a utilizar el usuario Administrador? Porque si hiciste tú la reinstalación debes haberlo hecho como administrador o, al menos, tu usuario debe ser del grupo de administradores.
Prueba a ejecutar el comando NET USER desde una ventana CMD. Así podrás saber que usuarios existen en tu ordenador. Si te sale uno con nombre "Administrador" o similar puedes hacer que sea visible tecleando NET USER ADMINISTRADOR /ACTIVE:YES. A partir de ese momento podrás cambiar de usuario al ADMINISTRADOR (si conoces la contraseña, claro). Si en el proceso de instalación no le pusiste contraseña podrás entrar dejándola en blanco.
Los pantallazos no son de gran ayuda teniendo en cuenta que hablabas de BAT y lo que se ve son JPG en la segunda pantalla o un TXT en la primera pantalla. Sería interesante ver en uno de los BAT lo que saca el Explorador de Windows en la ventana Propiedades de ese archivo.
Yo creo que Todoexpertos no impide poner enlaces. Yo tampoco me he topado antes con archivos cifrados, pero eso avalaría mi sensación de que alguien los encriptó. Bueno, en realidad sí que he tratado archivos cifrados, ZIP o RAR, de hecho los manejo pero soy yo quién los encripta. Una vez intenté abrir un archivo que no había encriptado yo y no lo conseguí. - gggirald