Quién me paga estando de baja temporal?

El tema es que estaba trabajando y he sufrido una baja temporal y llevo un par de meses en este estado. Y no se para cuánto tiempo me va a durar. El caso es que el jefe me ha ingresado dos meses la nómina y este mes dice que tiene problemas para pagarme. No sé si la seguridad social le pasa el pago a el para que me lo ingrese o si sale de su bolsillo esas nóminas. En ese caso como podría hacerlo para que la seguridad social me ingrese directamente. Vamos que no sé si es así como funciona esto. Es la primera vez que me doy de baja.