Decisiones laborales con comité de empresa

Recientemente en Aragón se ha firmado a nivel comunitario un convenio en el sector de transporte de mercancías por carretera, en el se han acordado unos términos sobre pago por horas trabajadas en sábados y festivos aparte de otros temas.

¿Mi consulta es si esas condiciones entran en vigor si o si en todas las empresas o si como es en nuestro caso en el que hay un comité de empresa hay que firmar algo como si dijéramos para que se pongan en vigor en nuestra empresa?

También tengo alguna duda sobre si cualquier cosa que firmara el comité de acuerdo con la empresa, ¿tendría validez aunque fuese algo que fuese por debajo de el convenio autonómico o de un convenio nacional?

Por ejemplo cobrar por kilómetros en vez de dietas o por ejemplo que fuese la empresa quién decidiese sobre cuando coger los días de vacaciones.