Deducciones en varias comunidades autónomas

Tengo mi domicilio fiscal en Islas Baleares, pero tengo otro inmueble en Comunidad Valenciana que está arrendado. Puedo declarar correctamente los ingresos y gastos de ambos inmuebles, pero a la hora de las deducciones autonómicas (por ejemplo por rehabilitación con eficiencia energética) no puedo acceder a las de la comunidad Valenciana. ¿Debería hacer dos declaraciones con domicilio fiscal separado? ¿Cuál sería la solución para esto?