Son válidos ambos, lo importante de ellos es la pureza con los que los tengas dado que la pureza hará que tengas una reacción limpia y te facilitara después el proceso de limpieza del biodiesel (lavados con agua y vinagre) también obtendrás un biodiesel de mayor calidad según sea la pureza del la sosa o la potasa, quizás comentarte que la potasa suele ser más pura, pero como contras tiene que también suele ser más cara y tienes que poner un 30% más para la misma cantidad de Metanol y aceite o grasa.
También revisa las leyes de tu estado, aquí es España es legal hacer biodiesel casero, pero no es legal utilizarlo. En algunos estados de Estados unidos creo que pasa lo mismo. Revísalo.
Si utilizas aceite de cocina reciclado te recomendaría hacerle una filtración previa añadiendo para cada litro una cucharadita de café de carbon activo, luego agitas 5 min y filtras, de esta forma eliminaras no solo las partículas solidas si no que también eliminas el color y el olor (este ultimo cuesta más de eliminar) del aceite purificandolo para que en la reacción con la sosa y el metanol sea lo más limpia posible y obtengas un biodiesel de calidad.