¿Cuándo debería presentar la declaración complementaria del 303 del 2T en un caso algo especial?

Soy autónomo de septiembre a junio, con dos o tres bajas anuales, que realizo para ahorrarme la cuota con lo que cuando llega verano ya no puedo trabajar. Trabajo para una entidad pública el 80% o más del tiempo e ingresos y sólo servicios ocasionales a lo largo del año. Hago yo personalmente mi 303 del IVA y el trimestral del IRPF no tengo que hacerlo por lo que he mencionado (más del 70% de ingresos provenientes de la misma entidad). :

Este verano me ha surgido un servicio bien pagado y claro, en teoría NO PUEDO hacerlo, pero hablando con el cliente (entidad pública también) me permitirían facturarlo con fecha de JUNIO, y así lo he hecho, hacer una factura a fecha final de junio después de la última que hice. Lo siento pero si el estado cobra unas cuotas abusivas para autónomos de chichinabo como yo, que soy poco más que mileurista, yo tengo que cubrirme las espaldas y ver cómo demonios puedo TRABAJAR sin tener que pagar más de lo que recibo por un pinche servicio).

ENTONCES, .. He visto que es "fácil" hacer esa declaración complementaria siguiendo este articulo

https://lc.cx/TZUGC_ 

MI PREGUNTA ES: ¿Cuándo la hago? No sé cuándo van a presentar ellos la factura que les envié, aunque presuntamente había un plazo y ya se la envié antes del mismo. ¿Me espero a cobrarla? Dicen que no tardarán mucho pero puede ser un mes. Tengo entendido que si son 3 meses después del plazo del 303 son el 5% de recargo (encima) y no quiero que sea más que eso, pero tampoco quiero que venga hacienda vea eso y diga, pues hay más facturación que la declarada, y sean ellos los que actúen en vez de yo. No estoy acogido al criterio de caja, con lo que haciendo el 303 complementario ya me lo cobrarían enseguida.

Esa es mi pregunta.

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