Arreglos y String se manejan igual?..y Getchar()

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Oie tengo un problema con mi programa (LeeF.java)se supone que lee el archivo txt y su contenido lo guarda en un arreglo, lo compilo y todo esta bien, pero cuando lo ejecuto me aparece el siguiente error: Exception in thread "main"...
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Pues tengo un problemón, se trata de construir una matriz bidimensional con fin de representar un tablero de ajedrez, debería de quedar de la siguiente forma: 0 1 0 1 0 1 0 1 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 1 0 1 ... Creí que seria fácil, pero luego me di...
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Mi pregunta es como poder hacer un Autómata Finito No Determinisco ya que estos autómatas pueden seguir varios caminos pero solo hay uno correcto, es por eso que es necesario la recursion y me interesaría saber como se puede hacer esa función de...
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