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Desconozco si mysql tiene alguna función para importar automáticamente tablas y datos. Pero como trabajas con linux, se me ocurre que podrías crearte un script en bash que se conecte de manera automáticamente a la primera base de datos a través de...

¿Por qué no utilizas asp o php para ello?. Si te interesa, puedes encontrar más información y ejemplos en http://www.forosdelweb.com