No están disponibles gratuitamente todas las partituras de 'La Flauta Mágica' para voz y piano.
Puedes encontrar gratuitamente algunos números, por ejemplo el aria y coro 'Isis und Osiris':
http://wso.williams.edu/cpdl/source/moz-zf10.zip (archivo Finale)
http://www.cpdl.org/modules.php?op=modload&name=Downloads&file=index&req=getit&lid=928 (archivo PDF)
O el coro final:
http://wso.williams.edu/cpdl/source/moz-zf21.zip (archivo Finale-2001)
http://www.cpdl.org/modules.php?op=modload&name=Downloads&file=index&req=getit&lid=4181 (archivo PDF)
Una buena posibilidad es descargar las versiones MIDI e importar dichos archivos en un programa de edición de partituras como Final o Sibelius:
http://www.classicalarchives.com/mozart.html (casi toda la música de Mozart en formato MIDI)
Espero haberte ayudado.
Escríbeme libremente si necesitas más información, especialmente sobre música coral.