Mi guitarra no quinta

El afinado y el quintado de la guitarra son dos cosas distintas. Afinar una guitarra es hacer que unas cuerdas suenen bien respecto a las otras. Quintarla es hacer que las distintas notas pisadas una cuerda suenen bien respecto a las otras notas en la misma cuerda. En principio ninguna de las dos cosas tiene que ver con el alma de la guitarra, que está más relacionada con la resonancia del sonido.
Yo para afinar la guitarra lo que hago es afinar la quinta cuerda al aire (la) con un diapasón, y luego pisar esa cuerda en el quinto traste (re) y afinar la cuarta cuerda al aire con esa nota, y así sucesivamente con todas (excepto para afinar el si de la segunda cuerda, que necesitas pisar la tercera en el cuarto traste en vez de en el quinto). De esta forma en teoría todos los acordes sonarán bien.
Pero en la práctica, si la guitarra está mal quintada no será así. La prueba que dices que haces (comparar el armónico con la nota del traste 12) sirve para ver si la guitarra está bien quintada. Si esto fuera así, la nota pisada en el traste 12 debería ser igual que el armónico que obtienes en ese mismo traste. Eso querría decir que el traste 12 está situado exactamente en la mitad de la longitud de la cuerda, que es donde debe estar. Cuando el traste está ligeramente desviado hacia un lado o hacia otro la nota pisada suena más alta o más baja que el armónico. Si la nota pisada suena más aguda que el armónico quiere decir que el trozo de cuerda que vibra es más corto de lo que debería, y si suena más grave, es que es más largo.
Lo ideal es tener la guitarra perfectamente quintada, aunque se puede ir tirando con una que no esté perfecta si el problema no es muy acusado. La forma de solucionar un mal quintado puede ser complicada. Hay guitarras eléctricas con un puente ajustable que permiten fijar la longitud de cada cuerda independientemente de las otras cuerdas; en ese caso el puente lleva un tornillo para cada cuerda que aleja o acerca el punto en el que se apoya la cuerda para modificar su longitud (aparte de que se puede inclinar más o menos el puente completo). Pero en guitarras con otros tipos de puentes la cosa se complica bastante. Hay puentes movibles que pueden inclinarse en un sentido o en otro, lo cual puede arreglar el problema sólo en algunos casos. Lo normal es que haya que hacer ajustes delicados en el puente y en la cejuela y, en los peores casos, cambiar la posición de los trastes en el mástil.
Lo mejor que puedes hacer es intentar asegurarte de que la guitarra esté bien afinada (si tienes dudas busca un afinador electrónico que te permita afinar las seis cuerdas, aunque luego suelen ser necesarios pequeños reajustes) y, si compruebas con lo de los armónicos que no está bien quintada y suena realmente mal, ir a un luthier y consultar cómo podría arreglarse y si merece la pena. Si la guitarra tiene un puente ajustable te saldrá barato y quedará de miedo (mucho mejor que si intentas quintarla tú), y si hay que hacer algún arreglo serio quizá no merezca la pena (muchas guitarras baratas están mal quintadas precisamente por ser guitarras baratas y malas, y no compensa el precio del ajuste). O quizá sí. Pero eso el que mejor puede decírtelo es un luthier.