Floyd Rose

Haces bien en dudar del luthier ya que, salvo que haya algo roto, si tu floyd estaba bien al principio de la calibrada entonces es solamente un problema de recalibrado. Lo mejor que puedes hacer es llevarlo a otro luthier donde te hagan un chequeo sin compromiso, otra cosa es arriesgarte y recalibrarla tu mismo (no te lo recomiendo si no tienes experiencia).
Pues quizás vas a tener razón. Uno de los problemas más comunes de desafinacion con las palancas lo he visto con los muelles de detrás, normalmente con puentes tipo strato. Alguna vez me preguntaron sobre esto y recomendé cambiar los muelles, ya que no me volvieron a preguntar pienso que se soluciono. Antes de cambiar nada te recomiendo que revises la altura y las entonaciones de cada uno de los tornillos, si esta el puente en perfecto paralelo y demás. Te paso algunas páginas con imágenes:
http://www.guitarristas.info/foro/f13/calibrar-guitarra-floyd-rose-46490/#post427593
http://www.taringa.net/posts/videos/5277365/Como-calibrar-un-Floyd-Rose-hecho-por-mi.html
Espero que estas guías te ayuden un poco. Ya como apunte extra.. ¿no has pensado en cambiarte a un puente fijo? Lo digo porque quizás vale perder de tremolo que perder la paciencia :)

Ante todo muchísimas gracias por responder, por los enlaces que me has mandado se ve que tienes mucho conocimiento, más que yo seguro jajaa. Pero creo que no has entendido bien el kit de la cuestión ( no lo digo con mala intención). A ver, el problema no es que la guitarra desafine. Se supone que la quintada esta bien, eso lo soluciono (o al menos lo aparenta), lo que no entiendo es PORQUE cuanto aflojas la palanca, ¿las cuerdas no bajan todas por igual?, es decir, se que si tiras abajo la palanca y la afinación baja, y si subes la panlanca sube, eso es por que las cuchillas del floyd están melladas, y el apoyo que tienen con los tornillos de fijación al cuerpo tiene como una "holgura", que es la que hace que el puente desafine si empleas el floyd. Pero la cuestión es (y se supone por ley física, que no soy físico pero ya por lógica se sobreentiende) que si no hay una nivelación perfecta (según tensión o lo que sea...)de los bordones y las primas en altura en el puente, lo más lógico es que algunas aflojen (o aprieten, según el caso) cuando utilices la palanca. No soy experto en el tema (que ojala lo fuese, me ahorraba unas pelas jaja) y quizá sea cabezón, equivocándose la gente aprende, pero el problema es ese: no aflojan todas por igual y bajo mi punto de vista el problema esta en que las primeras están más bajas que los bordones (me refiero al puente como bloque completo, que el tornillo que sujeta la parte inferior del puente, donde están las primeras, esta más bajo que el tornillo superior: ese es el problema, las cuedas no aflojan por igual.
Perdona mi cabezonería, pero si yo estoy en lo cierto al luthier le queda mucho que escucharme, y más después de haber soltado casi 80 euros de reparación

Con el floyd realmente es un lio calibrar las cosas bien de buenas a primeras ya que atornillas una cosa y aflojas la otra. Es que son casi como un sudoku donde todo tiene que cuadrar.
Gracias por la aclaración, ahora veo un poco más del problema. Dime, ¿qué modelo de floyd y guitarra son? ¿Y qué cuerdas exactamente son las que pierden la afinación?
Dices que las primeras cuerdas están más bajas, eso es normal, especialmente con diapasones bastante curvados, de todas formas si todo esto parece normal según las guías que te mande.. pues quizás el problema de la desafinacion en determinadas cuerdas (si es que esta bien octavado) sea en el cabezal: trabacuerdas y afinadores. Fíjate que estén bien colocados y limpios por debajo, apriétalos de nuevo con mucho cuidado. Ojala sea esto.

Bien, la guitarra es una washburn rock series wr 120 (creo, no te lo puedo asegurar por que como la tiene el luthier no estoy completamente seguro), 24 trastes, 2 pastillas dobles y una simple, y el floyd (en el pone licensed by floyd rose, pero creo que no es original, no lo se). Las cuerdas que no bajan son la 1, 2 y 4 pero no te lo puedo asegurar tampoco por que como te digo no la tengo aquí. Las presillas de arriba se las puso nuevas, las cuerdas también son nuevas, y los muelles de detrás del puente también se los cambio, pero sigue estando igual... yo sinceramente te digo que no me quita nadie de la cabeza que uno de los dos tornillos que sujetan las cuchillas del puente este más arriba que otro pero claro, solo es una hipótesis mía, aplicando un poco de ley física creo que es lo más lógico. Si me das tu correo te puedo mandar fotos de ella que si tengo, por que por aquí no me da opción a mandar ninguna clase de archivos. Gracias de nuevo

Buscando información sobre tu guitarra y el puente, gracias por la informaicon ahora te he entendido mejor.
Si todo ha sido cambiado entonces el problema esta definitivamente en la altura de los tornillos o el angulo al que regresan las cuerdas (como dices: normal esta afinada, pero al estirar/aflojar vuelve a una afinación diferente).
No te recomiendo tocar aun los tornillos individuales de las cuerdas así que si piensas que el tornillo puente/guitarra es el que esta afectando (y seguramente es el que esta junto a la cuerda 1!) Te recomiendo lo siguiente: Mide la altura exacta en donde esta y luego ajústalo siguiendo estas instrucciones (a partir de la imagen 7). Si no funciona vuelve a la medida inicial y ya como ultimo caso no te queda más que recalibrar desde 0 midiendo bien todas las distancias.
Si quieres mandarme las fotos aunque no creo que pueda usarlas ya que no puedo hacer nada sin probar mover la palanca. Ah y otra cosa.. ¿verdad qué no fue cambiado el calibre de las cuerdas y que los afinadores están todos bien ajustados?