Eliminar radiador

Por lo que he visto en las fotos, tu instalación está hecha con los radiadores en paralelo. Esto significa que hay un tubo que va desde la caldera a TODOS los radiadores, y otro que retorna de TODOS las radiadores a la caldera.
Cada radiador tiene una válvula de entrada y otra de salida. La llave de entrada sirve para abrir o cerrar las radiadores, si así lo deseas ( aunque casi nunca se hace). La válvula de salida está para regular el caudal de agua de cada radiador, para poder optimizar el funcionamiento de TODA la calefacción. Está operación es muy importante, para conseguir la temperatura adecuada en cada una de las salas. Teniendo en cuenta que el paro de la caldera se produce ( es la forma más precisa), cuando la temperatura del agua que retorna adquiere un valor determinado ( y regulable).
Primera pregunta ( mi respuesta) . Sin lugar a dudas SI afectará al sistema. Por lo tanto, deberás volver a regular el caudal del agua en los radiadores que queden. Ponendo en marcha la calefacción y cerrando el la válvula de abajo LOS RADIADORES QUE CALIENTEN EN EXCESO ( esta válvula se abre o cierra con una llave "allen" -exagonal interior-).
Segunda: Debes sellar los tubos de los radiadores por separado. ¿Dónde? . En cualquier punto siempre que sea antes del tubo que va, y viene de caldera a radiadores y viceversa.
Las tubos de PVC entiendo que sirven de funda protectora o aistante de los reales.
Lo mejor, para no tener "duchas" no deseadas, ni agua por todas partes, es que vacíes todo el agua.
Desconozco tu cualificación profesional, pero entiendo que este tipo de trabajo debería hacerlo un profesional ( es un trabajo grande donde los posibles errores te pueden dar algún que otro dolor de cabeza). O, al menos, que te supervise el trabajo alguna persona relacionada con el oficio. Desde un ordenador es muy difícil informarte adecuadamente.
Aún así, lo intenté. Suerte!.

No pasa nada por eliminar radiadores, lo ideal seria que taponaras el ramal de ese radiador justo a la salida de los tubos de ida y retorno generales, me explico, en la foto ves que hay 2 tubos gordos, ese es el ramal generalde ida y retorno de la calefacción, lo ideal por ejemplo en este radiador en concreto seria que levantaras un poco el suelo y taponaras pegado al general, si no puede ser tapona lo más por debajo del suelo que puedas. No los empalmes unos con otros porque estarías mezclando la ida y el retorno. Con respecto al tema de vaciar agua no te queda más remedio si quieres modificar la instalación que vaciar todo el circuito. Vacía por el punto más bajo de la instalación y más cómodo para no liar mucho follón. Lo más complicado que veo en tu instalación es el material con que esta hecha, por lo que veo esuna instalación antigua y si no me equivoco los tubos son de hierro o plomos, asegurate bien, porque si es así y quieres trabajar o sellar con cobre o latón tendrás que poner algún manguito anticorrosión entre plomo/hierro y cobre/laton. Espero haberte sido de ayuda.