Rótulo en fachada de la comunidad

Sinceramente, el problema que me planteas, es delicado. Si el Ayuntamiento no colabora, la única vía que queda es ir al juzgado.
Aunque debería de prevalecer el beneficio para la comunidad (la obras de fachada), el comercio (y más si es una farmacia que tienen la obligación por ley de estar debidamente señalizadas) puede alegar su perjuicio económico por la falta de indicación, y el juez decidir por uno u otro aleatoriamente.
Respecto al tamaño del rótulo, a mi me preocupa más el tema del anclaje. Si me dices que mide unos 10 m de alto, estará seguro que anclado a las cabezas de los forjados (parte de hormigón), y casi nunca suelen dar problemas al edificio.
Si el rótulo es más pequeño, puede ser que lo sujeten a la propia fachada, y con el efecto del viento y el paso del tiempo, pueden ir apareciendo fisuras y pequeñas holguras entre la sujeción y la fachada, que acaban siendo un punto de entrada de agua y por tanto una humedad en la vivienda.
Esto ocurre con cierta frecuencia en la instalación de alumbrado público en facadas, que acaban dando lugar a una humedad si no atornillan con cuidado.

La fachada es un elemento común del edificio y por tanto depende de la decisión de la comunidad de propietarios en junta todas las acciones que se lleven a cabo en ella. Por tanto estáis en vuestro derecho de quitar el rótulo. Incluso estaríais en derecho, entiendo yo, de no dejárselo volver a poner.
La farmacia tiene derecho a colocar un rótulo en su ámbito: planta baja o zona en la que esté ubicado el local en cuestión.
En estos casos lo habitual es llegar a un acuerdo que sea satisfactorio para ambas partes. La idea de un rótulo de menores dimensiones que no moleste a los vecinos parece buena pero sois vosotros los que yo creo que tenéis la última palabra.