Bomba por encima de la linea de agua

Tengo una piscina de 8X4 enterrada. El cuarto de máquinas consiste en un cajón enterrado de poliéster junto a esta.
Este cajón tiene algunas fisuras (incluso mal sellado por donde entran los conductos). Si a esto le añadimos que el terreno donde está ubicado tiene mal drenaje, pues cada vez que llueve, entra el agua dentro, sumergiéndome en una ocasión la bomba y parte del cuadro eléctrico.
Para colmo, el c´jómn de poliéster está inclinándose en la zona del filtro de arena (donde tiene más peso) por lo que creo que terminará rompiéndome la tubería de PVC del desagüe.
Estoy planteándome quitar este cajón enterrado y hacer una caseta en superficie. La instalación de filtro, bomba, etc será la misma que cuando estaba enterrrado pero y esta es mi duda, tendré que colocar una válvula de retención a la entrada del prefiltro de la boma puesto que esta quedará por encima de la lamina de agua. ¿Habría qué poner alguna válvula más en otra parte de la instalación?
Por su experiencia, ¿tendría problemas de descebado de la bomba? Este es un problema que me preocupa bastante, pues el funcionamiento de la depuración está controlado por un reloj ya que estoy largos periodos fuera de casa y temo que se queme la bomba al funcionar en vacío.