Construcción de un pozo

Ciertamente algo de pozos sé, pero no es mi trabajo. Realizo consultoría y asesoramiento al respecto estrictamente a mis clientes, de los cuales casi todos disponen de pozo (al ser fincas rústicas la mayoría de los casos). Dado que también en nuestra empresa realizamos tartamientos de aguas, nos tenemos que "pelear" con el tema pozo muy a menudo.
Referente a la pregunta que haces, generalmente el tema de las legalizaciones de los pozos suele recaer en la Junta Municipal de Aguas de tu municipio, o en la Junta de Regantes de tu comarca, aunque eso siempre depende de una forma u otra del departamento o consejería correspondiente en la comunidad autónoma donde residas.
Para ser más prácticos, te aconsejo que le preguntes al que te hará el pozo, ya que estará mucho más informado del tema al tener que "papelear" con las legalizaciones y demás...
También puedes consultarlo a tu ayuntamiento, que seguramente te dirán los pasos a seguir... aunque es preferible que el "pozero" te indique mejor, según su experiencia te llevará por el camino adecuado.
En cuanto a los precios, la verdad es que no sé si los precios de aquí (Cataluña) son similares de los de Andalucía, pero para que te hagas una idea, un pozo de tubo de 4" sale a unos 70Euros el metro.
En cuanto a los impuestos, además del IVA, estos dependerán de lo que exijan en el organismo correspondiente.
Aunque tengas un pozo, no eres libre de emplear toda el agua que quieras:
Te instalan un contador y pagas impuestos (ecológicos) dependiendo del uso legal que le des al agua y el gasto anual de la misma... (por aquí esto funciona así, más o menos).
Yo quizás me preocuparía más de que te concedan el permiso, que lo que puedan pedir de impuestos (cada vez son más restrictivos en este asunto y no dejan construir pozos en según que zonas y según para que usos).