Rehabilitar casa de piedra

El forjado de 16 no tiene por qué dar problemas aunque habría que verlo en directo y tomar medidas más exactas para hacer un cálculo exacto (que por otra parte yo creo que excede las competencias de una página de este tipo).
Los forjados vienen a costar sólo en estructura sobre los 90 euros por m2 aunque varía mucho en función de la zona o dentro de la misma hay variaciones importantes de unos presupuestos a otros.
En cuanto al aislante, cualquiera te puede venir bien. Si el tejado tiene algún problema de poros, un polipropileno proyectado podría actuar sobre las dos cosas (aunque es bastante caro). Lo más indicado sería un aislante de lana de roca. Encontrarás información en la web de uralita

Con lo de forjado cerámico no me aclaras mucho, imagino que las piezas cerámicas, son las que existen entre las viguetas (que serán de hormigón, acero, madera... eso es lo que quería que me aclarases), no se si a lo mejor esas viguetas están hechas in-situ (con piezas cerámicas, y rellenadas de hormigón, solo he visto una vivienda, y es una solución que se empleó poco).
Concretando: Por las luces que me comentas (¿2? 5m y 3m) debe ser suficiente casi cualquier estructura que tenga.
Para el aislamiento del tejado es como todo... Lo normal sería poliuretano proyectado, que estaría en torno a los 6euros/m², si vives en una zona poblada, y que el desplazamiento de un equipo de poliuretano no sea mucho, este precio podría ser menor, si vives un poco alejado el precio puede ser un poco más elevado. Este aislante tiene la ventaja de que al ser aplicado in-situ se adapta a la forma e irregularidades del tejado, además forma una capa continua.
Si te quieres gastar más, o si lo que quieres es máximo aislamiento con mínimo espesor, puedes utilizar vidrio celular, que son unas planchas muy ligeras, sobre las que luego se puede aplicar yeso, no se emplean mucho por su alto coste (entorno a los 18euros/m²), pero su poder aislante merece la pena.
El costo de un forjado, en rehabilitación es un poco aventurado, porque hay veces que el desmontaje de lo existente es más caro que lo que vas a poner, el costo de un forjado con viguetas metálicas (que será el menos engorroso), puede estar en torno a los 60 euros/m² teniendo en cuenta que: el menor volumen, las dificultades particulares del forjado, la situación de la vivienda, la época del año... son factores que pueden incrementar ese precio.
La repercusión por metro cuadrado será menor cuanta mayor cantidad de obra realices, o sea que si solo haces el forjado intermedio, te saldrá más caro relativamente que si haces el forjado intermedio y la cubierta, el precio de la cubierta puede salir parecido al del forjado.
Mi consejo es que acometas la obra completa, puesto que además probablemente puedas suprimir algún pilar.
No se si te queda alguna duda, pero no dudes en repreguntar.