¿Hacer la estructura de hierro o de hormigón?

En principio, y sin ver nada, es muy difícil aconsejarte que tipo de estructura puede ser la idónea para la ampliación. Depende de muchos factores. Lo que si es verdad, es que generalmente hacerla con perfiles de acero suele abaratar y ser más aconsejable que realizar una estructura de hormigón. En principio, las uniones entre la estructura vieja y nueva son más fáciles con acero. Otra cosa es que tu casa tuviera estructura de madera (que lo dudo), pues entonces te aconsejaría que la realizaras también de madera.
Si la ampliación solo tiene una o dos plantas, con pilares HEB-120 o 140 suelen ser suficientes, aunque depende del diseño de la estructura. Eso quiere decir que los pilares tan solo tienen 12 o 14 cm. De lado, por lo que sin problemas quedarán embutidos en las paredes.
Si realizas la estructura de hormigón, el mínimo pilar tiene que ser de 25x25 cm., asique ya ves que hay diferencia. En cuanto a precio también te saldría más caro realizarla con hormigón.
No obstante lo mejor es que la reforma te la dirija un arquitecto en el que confíes, ya que también son importantes los aislamientos e impermeabilizaciones, para asegurar la habitabilidad.