Proyecto final de obra no se ajusta a realidad

Estamos en el proceso final de la construcción de nuestra vivienda y el arquitecto nos ha entrado los planos del proyecto como final de la obra para presentar al ayuntamiento y completar el proceso del final de obra.
Al ser autopromotores nos piden firmar los planos (tal como hicimos con los iniciales) pero al revisarlos detecto que hay ciertas variaciones con respecto a la realidad.
En algún caso alguna ventana no está colocada exactamente aún cuando la obertura de la pared si es correcta, o en otro caso por ejemplo se ha dejado en uno de los planos de planta una ventana que decidimos practicar durante el avance de la obra (luego si aparece la ventana en el plano de fachada). La que más me inquieta es el plano referente al detalle de la salida de las tuberías del saneamiento hacia la calle. Siguen un recorrido totalmente diferente (diferencia de metros) al que existe en realidad e incluyen una bomba de impulsión que finalmente no existe puesto que la pendiente del saneamiento permitió prescindir de ella. En realidad lo que veo que ha hecho el arquitecto es que se ha dejado de modificar o actualizar esos detalles. Por otra parte ya ha visado el proyecto final en el Colegio de Arquitectos.
La pregunta es, ¿cómo nos puede afectar que el proyecto final contenga ese tipo de desviaciones? Por ejemplo, a la hora de la revisión de la cédula de primera ocupación por el Ayuntamiento o en el caso de una futura venta. ¿Qué responsabilidad tendríamos al respecto al firmar dichos planos?
Evidentemente lo hemos comentado con mi arquitecto y simplifica la gravedad del tema diciendo ese tipo de diferencias es intranscendente y que lo importante ahora es cerrar el proceso de final de proyecto (llevamos ya más de un año de retraso!). Entiendo que en caso de obligarse a modificar las diferencias existentes deberían volver a visar el proyecto a su cargo y coste con lo que me imagino que quieren ahorrarse eso y el tiempo de dedicarle a corregirlo.