Vayamos por partes, porque no estoy seguro de cuál es al final la pregunta.
En cuanto a las responsabilidades al respecto de errores en la ejecución de un proyecto no es tan fácil achacarlas a uno u otro interviniente en el proceso puesto que habría que estudiar los diferentes documentos. El aparejador se quita responsabilidad muy rápidamente en base a otros planos de obra pero para eso tiene que poder demostrar que esos planos existían y que la obra se ha realizado conforme a ellos. Por ejemplo, el error de 30 cm en las dimensiones es muy fácil que se dé a la hora de replantear las paredes y el aparejador es directamente responsable de comprobar ese replanteo.
La ejecución del hueco del ascensor podía estar prevista así desde el principio por si no se llegaba a poner (todo lo lo digo en situaciones hipotéticas puesto que no conozco el caso en particular).
Y conducir el desagüe del vecino por tu propia finca habría que ver si fue decisión unilateral del constructor o si el vecino ya tenía esa servidumbre adquirida y existente y por eso fue que se le rompió.
De nuevo te comento que son situaciones hipotéticas. Todo simplemente para que entiendas que desde fuera es posible establecer muchas condiciones que derivarían en responsabilidades diferentes, achacables a constructor, arquitecto y/o aparejador, o incluso que ni siquiera pudieran catalogarse como incidencias. Por eso al final, la única manera posible de establecer desperfectos y culpabilidades es demandar y que sea un juez, en su correspondiente proceso administrativo, el que determine todos estos extremos.
En cuanto al resto, efectivamente sólo los técnicos que han hecho la obra pueden certificar la finalización de la misma en condiciones de habitabilidad. Por eso lo indicado siempre es llegar a soluciones amistosas o esperar a tener todos los certificados y la construcción cerrada para reclamar desperfectos. Ahora mismo ni siquiera está la casa terminada por lo que no es habitable. Ningún otro arquitecto puede hacerte toda la documentación si el titular de la obra no ha renunciado a ella. Y en el caso de viviendas acabadas ni siquiera puede hacerlo ya que no queda nada ya a lo que renunciar. Sólo queda otra vez que un juez dictamine a tu favor y obligue al colegio de arquitectos correspondiente a hacer un certificado de final de obra "de oficio". Aunque mi experiencia (he tratado con un caso exactamente igual que el que comentas) es que los jueces tienen preferencia por establecer indemnizaciones y es difícil conseguir ese tipo de sentencia donde se obligue a una persona a asumir algo con lo que no está de acuerdo.
Por otra parte, en cuanto a los suministros, no hay nada que relacione al Ayuntamiento con ellos. Ambas compañías, de agua y electricidad, han concedido un suministro a una obra. En el momento en que consideren que ya no existe tal obra retirarán el mismo. Aquí, por ejemplo, es habitual que la compañía eléctrica limite el servicio de obras a unos 2 años, coincidiendo con los plazos habituales de licencia de obras. Una vez transcurrido ese tiempo retira el suministro eléctrico provisional y te impone la solicitud del definitivo residencial (que en tu caso, sin cédula de habitabilidad simplemente no podrán concederte).
Me temo que estás en un callejón sin salida. La burocracia administrativa provoca en ocasiones muy puntuales situaciones como la tuya, en las que no queda más remedio que llegar como sea a un acuerdo con las diferentes partes que tienen, en este momento, la sartén por el mango (en este caso, el arquitecto). Como te decía viví una situación exacta y la única solución fue pagar al técnico la cantidad que solicitaba para conseguir su renuncia a la obra.
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