Información sobre Automatización

Tu pregunta tiene una respuesta bastante extensa, así que intentaré darte una idea de lo que haría yo en tu lugar.
Primero, en el caso de la elección entre un PLC o un micro, la respuesta depende del presupuesto que tengas, pero he de decirte que un PLC estará más dotado para realizar la máquina que quieres diseñar.
No obstante puedes visitar la página web de Festo (http://www.festo.com). En ella puedes encontrar soluciones automatizadas como la que quieres diseñar. Puede que te ofrezca alguna solución.
En cuanto al PLC, te recomiendo usar Siemens o Telemechanique. El primero es muy utilizado a nivel industrial, y dispone de bastantes accesorios para poder configurar tu aplicación a medida de lo que necesites. El segundo tiene un carácter más didáctico, y es muy utilizado en bastantes universidades. Tiene una programación bastante más clara, pero su tiempo de implementación es bastante extenso.
Como información que te puedo mandar de estas dos casas son su página web:(http://www.siemens.com y http://www.telemechanique.com). Además puedes visitar http://www.bjs.co.nz/software_development.htm, en la que puedes encontrar curiosidades que te pueden ayudar.

Buscando por internet he encontrado algunas páginas y algunos archivos que a lo mejor te sirven de ayuda.
Espero que te vaya bien el seminario.
Un saludo.
Gonix
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Control y automatización:
http://www.icubo.org/
http://www.epanorama.net/
http://www.control-automatico.net/tematica/robotica/
http://www.iapsa.com.ar/
http://www.ingeteam.com/Indice.html
Autómatas:
http://olmo.pntic.mec.es/~jmarti50/enlaces/automatas.html (Muy útil)
http://www.galeon.com/secretos/AUTO.htm (Ventajas e inconvenientes de los PLC)
http://www.grupojar.com/automatizacion/
Microcontroladores:
http://dragon.herts.ac.uk/facilities/stores/datasheets/micros/8031.pdf
http://dragon.herts.ac.uk/facilities/stores/datasheets/micros/PIC16C84.pdf
Casas de SCADA's para interface de usuarios
- http://www.objectia.com/
- http://www.ad.siemens.de/hmi/html_76/scada.htm
Diseño con SCADA's
- http://personal.redestb.es/efigueras/
- http://www.scadalink.com/sl span 1.htm
Motores
- http://eca.redeya.com/tutoriales/mpp/mpp.htm
- http://www.ametek.com
- http://www.abb.com
- http://www.infranor.com
Buses y comunicaciones:
- http://lucas.cdf.udc.es/ing_ind/infotec/jvaz/redes_in.htm
- http://www.profibus.com/
- http://www.texca.com/prod0010/compodebus.htm
Bibliografía:
- http://www.unirioja.es/Informacion/Asignaturas/Industriales/20421.pdf
- http://io.us.es/Asignat/Proximo/I-O-Ind/SIP-9900.htm
De todo un poco:
- http://www.texca.com/pubindex.htm
- http://www.terra.es/personal/jfelipe/home.htm
- http://www.geocities.com/SiliconValley/Bay/3052/
- http://www.gui.uva.es/~polyfemo/quimical/93/ESTANTE.HTM
- http://www.puntolog.com/actual/evolu/ulma/ulmatex.htm
(El apartado documentación, sobretodo, está muy bien)

La elección que hagas depende mucho de la envergadura del proyecto y de que habilidades tengas que demostrar. Si debes hacer un diseño de Hardware, y estas dispuesto a afrontarlo, puedes diseñar todo desde 0 usando microcontroladores o, con un poco menos de esfuerzo, una placa como las Jack Rabbit (puedes verla en www.rabbitsemiconductor.com) que es programable en C, en vez de Assembler.
Otra posibilidad, que requiere menos trabajo de Hardware, es hacer una placa para conectar a la PC y escribir el software allí.
Si no necesitas en la tesis demostrar conocimientos de micros y hardware, puedes emplear un PLC y ocuparte de escribir el software.