Ejecución de Sp en Java

Especificar la BD para ejecutar un "stored procedure" se hace igual que para realizar cualquier consulta o modificación en una BD desde java.
Si se coge un Datasource desde el servidor (e.g. Tomcat) ya solo hay que coger la conexión y pedir el SP.
Si se quiere crear directamente el Datasource en Java también se puede, indicándole los datos necesarios de la BD (ejemplo de Oracle, seria igual para otras BD):
oracle.jdbc.pool.OracleDataSource oracleDataSource=null;
        try {
            oracleDataSource = new OracleDataSource();
        oracleDataSource.setUser("usuario");
        oracleDataSource.setPassword("password");
        oracleDataSource.setURL("jdbc:oracle:thin:@HOST:1521:BD");
        } catch (SQLException e1) {
            e1.printStackTrace();
        }
Después se cogería la conexión a la BD del datasource y se prepararía la llamada. Aquí puedes ver un ejemplo:
http://www.exampledepot.com/egs/java.sql/CallProcedure.html?l=rel