Especificar la BD para ejecutar un "stored procedure" se hace igual que para realizar cualquier consulta o modificación en una BD desde java.
Si se coge un Datasource desde el servidor (e.g. Tomcat) ya solo hay que coger la conexión y pedir el SP.
Si se quiere crear directamente el Datasource en Java también se puede, indicándole los datos necesarios de la BD (ejemplo de Oracle, seria igual para otras BD):
oracle.jdbc.pool.OracleDataSource oracleDataSource=null;
try {
oracleDataSource = new OracleDataSource();
oracleDataSource.setUser("usuario");
oracleDataSource.setPassword("password");
oracleDataSource.setURL("jdbc:oracle:thin:@HOST:1521:BD");
} catch (SQLException e1) {
e1.printStackTrace();
}
Después se cogería la conexión a la BD del datasource y se prepararía la llamada. Aquí puedes ver un ejemplo:
http://www.exampledepot.com/egs/java.sql/CallProcedure.html?l=rel