Formatear una partición de xp sin dañar la otra

Bueno este es mi duda.
Tengo una partición xp y otra de ubuntu pero tengo archivos de obuntu en xp y de xp en ubuntu, la cosa es que si puedo guardar archivos de xp y luego quiero formatear el de xp
Mi duda es que no habrá problemas si lo formateo la partición de xp no dañara los archivos que pase de xp ha ubuntu. Ya que los quiero pasar en esa partición para no borrarlos ya que después los voy a ocupar
Espero que me ayuden!